La Villa della Farnesina fu commissionata al celebre architetto Baldassarre Peruzzi dal ricco banchiere senese Agostino Chigi nel periodo più splendido della sua vita, lontano dagli affanni e dalla cupa dimora cittadina in via dei Banchi. La costruzione fu decorata, oltre che dal Peruzzi stesso, da Raffaello, da Sebastiano del Piombo e dal Sodoma con affreschi ispirati ai miti classici.
Nel 1511 la villa il cui "viridario" era bagnato del Tevere era già edificata e in parte decorata e Agostino Chigi chiamato "il magnifico" viveva qui la sua splendida vita di mecenate del Rinascimento tra ricchezze e onori, protettore di artisti e amico di principi e cardinali che amava ricevere nella sua dimora.
Memorabili alcuni banchetti imbanditi nella villa, quello allestito nelle scuderie splendidamente addobbate, quasi a dimostrare che le stalle del Chigi erano più fastose dei saloni del Palazzo Riario che stavano costruendo di fronte, o un altro in cui le vivande erano servite in piatti d'oro e d'argento che alla fine del pranzo venivano gettati nel Tevere; ma reti accuratamente nascoste nell'acqua restituivano i preziosi piatti all'accorto proprietario.
Dopo tanto splendore durante la vita di Agostino, la villa, in cui avevano fatto bivacco i Lanzichenecchi durante il sacco di Roma, alla fine del '500 fu acquistata dal Cardinale Alessandro Farnese, da cui viene il nome di Farnesina, per distinguerla dal Palazzo Farnese, al di là del fiume; secondo un progetto di Michelangelo un ponte sul Tevere doveva collegare le due proprietà dei Farnese.
La villa passò poi ai Borbone, poi in enfiteusi al Duca di Ripalta e infine fu acquistata dallo Stato italiano come sede dell'Accademia d'Italia. Ora è proprietà dell'Accademia Nazionale dei Lincei.
L'ingresso è oggi dalla facciata posteriore (la facciata principale è quella con due avancorpi laterali); ciò che caratterizza la costruzione e la decorazione è lo stretto legame tra il giardino e la villa, come se ciascuno rappresentasse la continuazione ideale dell'altro. La villa è oggi sede di rappresentanza dell'Accademia Nazionale dei Lincei.