Una delle chiese più antiche di Roma, sorta sulla casa del senatore Pudente del quale si narra sarebbe stato ospite San Pietro e ove più tardi (nel II secolo), fu costruito un edificio termale. Questo fu trasformato in basilica, tra la fine del IV secolo ed i primi del V, e fu dedicata a Santa Pudenziana (probabile sorella di Santa Prassede). Durante il pontificato di Adriano I la chiesa fu riedificata, quindi restaurata da papa Gregorio VII e da papa Innocenzo III, al quale si deve il magnifico campanile. 

Nel 1589 fu ampiamente modificata per opera di Francesco da Volterra. La facciata ricostruita per cura del cardinale Luciano Bonaparte committente di Antonio Manno (1870), presenta un bellissimo fregio del secolo XI, adattamento dell'originaria cornice marmorea della porta, con i medaglioni di Pastore e Pudente, di Pudenziana e di Prassede, nel mezzo, il mistico Agnello. All'interno, diviso in tre navate da sei colonne antiche, si può ammirare il mosaico del IV secolo ritagliato nel '500, tra i più antichi di Roma.