Costruita da Pasquale I nell' 822 fu varie volte restaurata, con alterazioni del suo carattere primitivo. La facciata, dalla quale si apre l'atrio scoperto, ha colonne dell'antico nartece e tre finestre centinate in alto. L'interno, basilicale, era originariamente diviso in tre navate da sedici colonne di granito reggenti direttamente la trabeazione. Quattro di queste furono successivamente incorporate in pilastri di rinforzo, su cui sono impostate tre grandi arcate trasversali. 

Splendidi gli affreschi alle pareti con "Storie della Passione", figure di "Apostoli" sui pilastri, puttini e festoni, opere di vari autori dei primi del XVII secolo. Al centro del pavimento un disco di porfido copre un pozzo, ove, secondo la leggenda, Santa Prassede raccoglieva i resti ed il sangue dei martiri. La cappella di San Zeno è il più importante monumento bizantino in Roma e racchiude alcuni dei più importanti mosaici bizantini. Nella chiesa si trova il busto del vescovo Santoni, prima opera scultorea di Bernini.