La chiesa di Sant'Agnese in Agone fu edificata sul luogo ove, secondo la tradizione, Sant'Agnese fu esposta nuda alla gogna e fu ricoperta dai suoi capelli scioltisi prodigiosamente. 

L'attuale costruzione fu cominciata da Girolamo e Carlo Rainaldi nel 1652 durante il pontificato di Innocenzo X e compiuta dal Borromini (1653-1657) che la modificò sensibilmente. A questo insigne artista si devono la concava facciata ad un solo ordine di pilastri e colonne e l'alta cupola. 

I campanili gemelli furono realizzati da Antonio del Grande e da Giovanni Maria Baratta, secondo il progetto del Borromini. L'interno, del Rainaldi, conserva la pianta a croce greca e si segnala per lo splendore di ori e marmi del Borromini. La cupola sorretta da otto colonne fu affrescata da Ciro Ferri con la collaborazione del Baciccia. 

Nei sotterranei della chiesa, i ruderi del Circo di Domiziano, i pavimenti a mosaico ed alle pareti gli splendidi affreschi medioevali.