La chiesa con annesso un piccolo monastero poggia sui resti del Tempio del Sole. La sua costruzione ebbe inizio sotto il pontificato di Stefano II (752-757) e fu poi ultimata dal fratello Paolo I che la affidò ai Benedettini. Nel XII secolo la chiesa fu detta "in capite" poiché nell'adiacente chiesa di San Giovannino era venerata la reliquia della testa di San Giovanni Battista.

La chiesa subì numerosi rifacimenti fino al XVI secolo con Francesco da Volterra a cui subentrò Carlo Maderno. L'attuale facciata barocca a un solo ordine e tripartita da lesene, fu realizzata su progetto di Domenico de Rossi nel 1703. Attraverso il portale con cornice medievale si giunge in un cortiletto ricco di frammenti marmorei che precede l'entrata. Accanto alla chiesa si trova il campanile romanico (1210) a cinque ordini di doppie bifore.

L'interno presenta una navata unica e cappelle laterali con pitture, decori e preziosi arredi. Nella cappella dell'Addolorata è posto un reliquiario trecentesco ove è custodita la reliquia della testa di San Giovanni Battista.

La chiesa appartiene oggi alla nazione inglese ed è officiata dai Padri Pallottini.