Questa chiesa sostituì nel 1231 la cappella dell'antico ospizio di San Biagio, ove visse San Francesco d'Assisi durante la sua permanenza a Roma, nel 1219. Nella sua cella sono conservati il suo guanciale in pietra ed il suo crocifisso. 

Interamente ricostruita intorno al 1680 dal cardinale Pallavicini, la chiesa è ricca di sculture. L'interno è molto semplice e diviso in tre navate da numerosi pilastri. Le navate laterali ospitano tre cappelle ognuna. 

Nella cappella Altieri, c'è la drammatica scultura di Bernini, "l’Estasi di Beata Ludovica Albertoni". Vi si conserva inoltre, in un altare reliquiario berniniano, una tavola con l'immagine di San Francesco, fatta eseguire secondo la tradizione dalla sua devota Jacopa de' Settesoli. Nell’oratorio si trova la tomba del grande pittore Giorgio De Chirico.