Il complesso archeologico sottostante la Basilica di San Clemente si trova nella valle che separa il Celio dall’Esquilino. Le strutture attualmente visibili riguardano due edifici. 

Il primo è costituito da una grande casa di almeno due piani costruita tra la fine del I e l’inizio del II secolo d.C. Successivamente, tra la fine del II e l’inizio del III secolo, l’ambiente centrale di questa casa fu trasformato in mitreo. 

Nell’aula centrale del santuario, alle pareti laterali sono presenti due lunghi banconi dove sedevano i fedeli. Sul fondo in una nicchia vi é l’ara del culto dove è raffigurato Mithra che uccide il toro e ai lati i suoi assistenti portatori di fiaccola, Cautes e Cautopates. 

Il mitreo fu abbandonato alla fine del IV secolo e tutto il complesso fu interrato. Ad est del mitreo, ad un livello più basso, è posto il secondo edificio. Il complesso probabilmente fungeva da magazzino o, in base ad alcune iscrizioni rinvenute nella zona, da Zecca per la fabbricazione delle monete imperiali. 

Verso la metà del III secolo il primo piano dell’edificio fu demolito e sostituito con una nuova costruzione da identificare con il Titulus di Clemente di cui parlano le fonti, sede della prima comunità cristiana della zona. Nel corso del IV secolo questo edificio fu in parte demolito per costruirvi la chiesa paleocristiana tuttora visibile al di sotto di quella attuale.