La chiesa di San Giovanni e Paolo sorge al Celio sopra i resti di una casa dove nel 362 avvenne il martirio dei due Santi. Verso la fine del III secolo l’intero isolato fu acquistato da un unico proprietario e fu ristrutturato al fine di ottenerne un grande palazzo signorile. All’inizio del IV secolo la casa diventò luogo di riunione della comunità cristiana della zona e verso la fine di quel secolo il complesso divenne un vero e proprio santuario dove si veneravano le tombe dei martiri. 

Alcune parti dell’edificio vennero adattate alle nuove esigenze del culto e venne ricavato un piccolo ambiente, munito di una finestrella (fenestella confessionis), da dove i fedeli potevano affacciarsi sulle sepolture dei martiri. 

Le pareti di questo ambiente furono decorate con un ciclo di pitture risalente alla seconda metà del IV secolo. Ne lV secolo, per la costruzione della chiesa, vennero demoliti i piani superioridella casa e fu interrato il piano terreno, consentendo così la conservazionedi tutti gli ambienti.