Nella fase preparatoria dell´Anno Paolino celebrato tra il 2008 e il 2009, durante i lavori di scavo per la realizzazione di alcuni servizi per l'accoglienza dei pellegrini, nella zona sud-ovest, a ridosso dell´orto dell´Abbazia, vennero alla luce una serie di reperti archeologici risalenti all´epoca altomediovale. La sovrastante moderna costruzione fu completata, ma nell´interrato si è creata una "zona di tutela salvaguardia" dei singolari resti, di cui vi era cenno solo in una lapide conservata presso l´Abbazia e risalente al tempo di Papa Gregorio Magno (590-604).
 
In essa si allude ad una comunità femminile di un monastero con un oratorio dedicato a Santo Stefano. Sono emersi i resti di un portico, di colonne, di un pozzo e di una torre campanaria. Indagini archeologiche più approfondite sono state condotte dai Musei Vaticani e dal Pontificio Istituto di Archeologia Cristiana che, grazie al supporto economico dei Patrons of the Arts in the Vatican Museums, hanno realizzato un progetto di restauro e di allestimento museale aperto al pubblico predisponendo un percorso di visita dell´area di scavo. Il progetto ha visto la partecipazione anche della Scuola di Specializzazione in Beni architettonici e del paesaggio della "Sapienza" Università di Roma.